Berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung RI Nomor 9 Tahun 2022 Tentang Perubahan Kelima Atas Peraturan Mahkamah Agung Nomor 7 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan Dan Kesekretariatan Peradilan, maka secara organisatoris dan administratif Pengadilan Negeri Amuntai Kelas II memiliki struktur organisasi sebagai berikut :
