Berdasarkan Peraturan Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 2015 Tanggal 7 Oktober 2015 yang telah diubah dengan Peraturan Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2017 tanggal 17 Februari 2017 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan, maka secara organisatoris dan administratif Pengadilan Negeri Amuntai Kelas II memiliki struktur organisasi sebagai berikut :
